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O Varstation é o software ideal para o processamento e análise de dados gerados pelo Sequenciamento de Nova Geração de amostras humanas. Neste artigo, demonstramos como é simples configurar pipelines e rotinas em nossa plataforma!
Como configurar um novo pipeline no Varstation?
O Varstation disponibiliza diferentes templates/workflows de acordo com a necessidade de processamento, incluindo o Dragen (Illumina).
Para configurar um deles, basta escolher o que mais se adequa ao seu sequenciamento (é possível checar a descrição de cada um deles, bem como os dados de validação realizados pela nossa equipe de bioinformática) e clicar em “criar novo pipeline”.
A partir deste momento, você poderá especificar as seguintes informações:
- Nome do pipeline
- Tipo de análise: germinativa ou somática (em breve);
- Genoma de referência: hg19 ou hg38
- Biblioteca: Amplicon, Captura ou PCR-Free
- Tipo de processamento: Painel, Exoma ou Genoma
- Inclusão de arquivo .bed específico para o kit utilizado.
É possível, ainda, escolher thresholds específicos para as métricas de qualidade, de acordo com o dado que foi sequenciado. Os parâmetros modificáveis para as métricas de qualidade são:
- Cobertura média;
- Uniformidade;
- Qualidade de mapeamento: Q20 ou Q30;
- Padding para a chamada de variantes;
- Padding para métricas;
- Porcentagem de cobertura no alvo;
- Cobertura média e cobertura no alvo para UMI (Unique Molecular Index).
Após finalizar a configuração, o pipeline ficará salvo para ser utilizado no processamento das amostras.
Como configurar uma nova rotina no Varstation?
Realizando o upload
Nossa interface é intuitiva, selecione ou arraste os arquivos do seu computador! Os formatos dos arquivos de entrada, provindos de NGS e aceitos pelo Varstation são:
- FASTQ;
- BAM;
- uBAM;
- VCF;
- Arquivos compactados em gzip (.gz).
Configurando um novo processamento
Para criar um novo processamento, basta digitar um nome para a rotina a ser criada, selecionar um pipeline configurado na organização e realizar o upload dos arquivos de entrada.
Após essa etapa, é possível cadastrar indivíduos com seus respectivos históricos clínicos. Além destas, é possível inserir e outras informações relevantes para que sejam vinculados às amostras, bem como marcar amostras como controles.
Após clicar em “Continuar”, a plataforma criará uma rotina e já iniciará o processamento das amostras!
Combinando arquivos
O sistema irá tentar combinar os FASTQ com os seus respectivos paired-end para criar cada amostra. A lógica de combinação é baseada na nomenclatura da Illumina, que traz como prefixo “file_R1” para o FASTQ e “file_R2″ para o seu respectivo paired-end.
Ou seja, o sistema irá buscar arquivos com o mesmo prefixo e interpretará que o par “file_R1.fastq” + “file_R2.fastq” pertence à mesma amostra.
Por fim, para cada FASTQ, o sistema aceita um único paired-end R2. É também possível inserir arquivos FASTQ de leitura única, sem o paired-end ou um arquivo .bed específico para cada amostra.
