Dados de testes genéticos moleculares necessitam de classificação.
Testes genéticos moleculares, como o Sequenciamento de Nova Geração (NGS), envolvem a determinação do significado das alterações encontradas em uma sequência de DNA.
Em um sequenciamento de exoma completo, por exemplo, são detectadas cerca de 50 mil variantes genéticas. Portanto, o principal desafio na interpretação desses dados está em determinar qual é (são) aquela(s) responsável(s) pela hipótese diagnóstica que motivou a solicitação do exame.
Para começar, é necessário que sempre se tenha uma doença ou um grupo de doenças como hipótese diagnóstica para guiar o fluxo das análises e a interpretação clínica das variantes para posterior elaboração do laudo médico.
Para muitas variantes, as consequências clínicas da mudança na sequência do DNA já estão bem compreendidas e já foram caracterizadas e publicadas na literatura científica e/ou em bancos de dados genômicos; nesses casos, essas variantes podem ser classificadas definitivamente como patogênicas ou benignas.
Um exemplo de variante patogênica é a mutação F508del (deleção do aminoácido Fenilalanina na posição 508 do gene CFTR) que, quando em homozigose, causa fibrose cística.
No entanto, nem todas as variantes encontradas causam doenças e é responsabilidade do laboratório que realiza os testes genéticos, interpretar e classificar as variantes genéticas como causadoras de doenças (patogênicas) ou benignas.
Por isso é importante que o profissional de saúde encarregado de solicitar os testes genéticos, entenda e acompanhe a rápida evolução da ciência e da arte no modo em que essas classificações são feitas.
Como o laboratório interpreta as variantes?
Para classificar as alterações é necessário agregar informações pertinentes. Essas informações podem ser extraídas de diversos bancos de dados ou sites.
Alguns exemplos de tipos de informações a serem levadas em consideração:
- Presença na literatura
A variante já foi reportada associada à alguma doença?
- Localização da alteração no DNA
A variante atinge um gene que codifica uma proteína importante?
- Natureza da alteração e predição do possível dano da alteração (saiba mais sobre tipos de mutações no texto: Como as mutações genéticas são classificadas?)
A variante altera a produção ou a função de uma proteína?
- Frequência da alteração na população
A variante já foi identificada em pessoas saudáveis?
Para avaliar o significado clínico das variantes, são utilizados bancos de dados que descrevem variantes relatadas anteriormente, como o Human Gene Mutation Database (HGMD) e o ClinVar, bem como artigos científicos publicados de alto impacto (geralmente disponíveis no PubMed).
Também é considerada a frequência da variante em populações controle (indivíduos saudáveis) de fontes que incluem o dbSNP, o 1000 Genomes Project, o Exome Variant Server (EVS) e o Exome Aggregation Consortium (ExAC); e softwares (PolyPhen2, SIFT e MutationTaster) que fornecem predições in silico sobre o efeito de alterações. É importante observar, no entanto, que as ferramentas de predição in silico nem sempre são precisas e, portanto, apenas ajudam a fornecer evidências de suporte para priorizar variantes.
Atualmente, não existe um padrão definido para classificar variantes, mas iniciativas de vários grupos que trabalham para definir procedimentos-padrão para classificar e curar variantes.
As orientações mais utilizadas no momento foram propostas por especialistas do Colégio Americano de Genética Médica e Genômica (American College of Medical Genetics, ACMG), que elaboraram um conjunto de diretrizes que designam os parâmetros a serem adotados em todas as etapas do processamento de NGS.
Saiba mais sobre as diretrizes da ACMG no texto: ACMG: Diretrizes para exames genéticos
Testes genéticos: considerações clínicas
Novas informações sobre uma alteração genética podem ser extraídas a cada dia. Diversos estudos têm sido realizados e muitas fontes científicas têm disponibilizado gratuitamente classificadores de variantes online. Quanto mais informações sobre uma alteração se obtêm, com mais fidelidade se consegue classificá-la a fim de predizer sua consequência no organismo e associá-la a um quadro de doença ou, até mesmo, de saúde.
Portanto, a interpretação das variantes refletem o conhecimento científico disponível no momento da análise. Um resultado reportando variantes não associadas à hipótese diagnóstica hoje pode ser reavaliado, levando em conta novas informações científicas e/ou novos sinais e sintomas apresentados pelo paciente, e as mesmas variantes podem ser re-classificadas como patogênicas no futuro, ou vice-versa.
Referências:
[1] Richards, S. et al. (2015) Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet. Med., 17, 405–424. [2] Deignan,J.L. et al. (2019) Points to consider in the reevaluation and reanalysis of genomic test results: a statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet. Med., 21, 1267–1270.
