ACMG: Diretrizes para exames genéticos

Com o crescimento constante de tecnologias de sequenciamento, é imprescindível que os laboratórios apresentem um padrão de qualidade para entregar resultados confiáveis aos pacientes. Por isso, grupos internacionais como o American College of Medical Genetics (ACMG), desenvolveram diretrizes que auxiliam profissionais da saúde em diferentes etapas dos exames genéticos.

ACMG

As últimas décadas foram marcadas por uma grande expansão da realização de sequenciamento genético após o desenvolvimento da tecnologia do Sequenciamento de Nova geração (NGS). Com custo mais baixo e a possibilidade de sequenciar milhares de fragmentos em um só dia, esta tecnologia vem ganhando cada vez mais espaço em laboratórios clínicos para identificar distúrbios genéticos de forma eficaz.

Neste cenário, no decorrer do teste de diferentes pacientes, laboratórios moleculares estão detectando cada vez mais novas variantes e, desta forma, identificando novos genes associados à distúrbios genéticos.

Com isso, surgiu a necessidade de criar diretrizes para padronizar a interpretação e divulgação de novos achados genéticos, assim como a qualidade em exames genéticos. Neste contexto, o American College of Medical Genetics (ACMG) se tornou referência internacional no auxílio a profissionais de saúde na tomada de decisões sobre o manejo apropriado de distúrbios genéticos.

Fundada em 1991, a missão da ACMG é melhorar a saúde por meio da prática clínica e laboratorial da genética médica, bem como por meio de defesa, educação e pesquisa clínica, e orientar a integração segura e eficaz da genética e da genômica em toda a medicina e saúde, resultando em melhoria pessoal e saúde pública.

Em 1993, a ACMG publicou a primeira edição de Normas e Diretrizes para Laboratórios de Genética Clínica e, desde então, outras diretrizes foram desenvolvidas e atualizadas periodicamente.

As diretrizes representam padrões que estabelecem critérios para que os laboratórios de genética clínica forneçam testes de diagnóstico precisos e confiáveis ​​que sejam consistentes com as tecnologias, procedimentos e órgãos regulatórios atuais. Embora os padrões sejam referência internacional de qualidade no manejo de exames genéticos, seguir as diretrizes é optativo.  

A seguir mostraremos algumas das diretrizes desenvolvidas pela ACMG:

Padrões técnicos para NGS em laboratório clínico

Padrões técnicos desenvolvidos para auxiliar laboratórios clínicos durante a:

• Validação de métodos e plataformas NGS
• Monitoramento contínuo dos testes NGS para garantir resultados de qualidade
• Interpretação e relatórios de variantes identificadas

Em outras palavras, o documento inclui diretrizes sobre a qualidade de cada etapa do processamento de amostras, sobre testes e validações que devem ser realizadas em diferentes momentos e sobre o oferecimento do exame mais adequado a cada situação.

Classificação de variantes

A ACMG, juntamente com Association for Molecular Pathology (AMP), publicaram em 2005 a primeira recomendação de padrões e diretrizes para a interpretação de variantes de sequência. Essas recomendações são aplicadas para profissionais da saúde e laboratórios clínicos que realizam testes genéticos incluindo genotipagem, painéis gênicos, exoma e genomas

Saiba mais em: Análise genética: saiba interpretar sua variante

A versão mais recente, de 2015, adota um novo sistema de classificação de variantes com base em critérios baseados em dados populacionais, dados computacionais, funcionais, alélicos, dados de segregação e outros.

A ACMG recomenda um sistema de classificação de cinco níveis. De acordo com este sistema, variantes identificadas em genes que causam distúrbios mendelianos podem ser classificadas como:

• Variante Patogênica: contribui diretamente para o desenvolvimento da doença. Algumas variantes patogênicas podem não ser totalmente penetrantes. Não se espera que evidências adicionais alterem a classificação desta variante. Entre os critérios utilizados para determinar a patogenicidade de uma variante estão as variantes já identificadas em estudos anteriores como patogênicas e variantes que segregam com doença na família. No caso de doenças recessivas ou ligadas ao X, uma única variante patogênica pode não ser suficiente para causar distúrbio.

• Variante Provavelmente patogênica: há uma alta probabilidade (mais de 90%) de que esta variante seja causadora de doenças. São necessárias evidências adicionais confirmem a patogenicidade, com uma pequena chance de que novas evidências possam demonstrar que essa variante não tem significado clínico. Estas variantes normalmente provocam perda de função da proteína sintetizada (nonsense, frameshift, sítios de splicing).

• Variante com Significado incerto (VUS): Quando, até o momento, não há evidências científicas suficientes para apoiar uma classificação mais definitiva desta variante. Podem ser variantes raras na população e que causam alguma alteração na proteína.

Saiba mais em: Exame genético: Como e quando reinterpretar variantes?

• Variante Provavelmente benigna: Quando a a atual evidência cientifica é insuficiente para provar de forma conclusiva que esta variante seja benigna, porém não se espera que tenha um grande efeito na doença. São necessárias evidências adicionais que confirmem nenhuma patogenicidade, mas a possibilidade de que novas evidências possam demonstrar que essa variante pode contribuir para a doença não podem ser descartadas.

• Variante benigna: esta variante não causa doenças.

Além disso, quatro classificações adicionais também são utilizadas periodicamente para identificar a expressividade da variante:

• Patogênica de baixa penetrância: variante contribuinte da doença, mas sua penetrância (percentagem de indivíduos com determinado genótipo que expressa o fenótipo) é suficientemente baixa para ser observada com frequência em indivíduos sem o distúrbio.

• Alelo de risco aumentado: Existem dados científicos que sugerem que a presença desta variante pode ser indicativa de risco aumentado para uma doença relacionada ou uma condição completamente separada. No entanto, não se espera que esta variante cause doença.

• Alelo de pseudodeficiência: Variante que pode levar a resultados falsos positivos em exames enzimáticos, mas não é conhecida por causar sintomas clínicos ou causar doença.

• Variante benigna relatável: variantes que podem levar a exames bioquímicos ou exames com biomarcadores anormais, mas não são conhecidos por causar sintomas clínicos ou levar à doença. Esta categoria também inclui variantes que não causam doenças diretamente, mas podem afetar a gravidade da doença.

Achados secundários

Outra importante diretriz determinada pela ACMG é sobre os achados secundários. Os achados secundários são variantes identificadas em exames genéticos que não estejam diretamente relacionadas ao propósito inicial.  Na versão 2.0 da lista de achados secundários de 2017, havia 59 genes ​​recomendados para retorno em sequenciamento genômico clínico, conhecido como ACMG 59. No entanto, a atualização de 2021 incluiu outros 14 genes a lista .

Saiba mais em: Achados secundários: ACMG disponibiliza nova lista SF v3.0

Outras recomendações da ACMG

Para acessar estas e outras diretrizes da ACMG, acesse: https://www.nature.com/gim/

Leia também: PALB2: Novo guia orienta a gestão de pacientes

Referências:

Amendola LM, Muenzen K, Biesecker LG, et al. Variant Classification Concordance using the ACMG-AMP Variant Interpretation Guidelines across Nine Genomic Implementation Research Studies. Am J Hum Genet. 2020;107(5):932-941. doi:10.1016/j.ajhg.2020.09.011

Harrison SM, Biesecker LG, Rehm HL. Overview of Specifications to the ACMG/AMP Variant Interpretation Guidelines. Curr Protoc Hum Genet. 2019;103(1):e93. doi:10.1002/cphg.93

Rehder C, Bean LJH, Bick D, et al. Next-generation sequencing for constitutional variants in the clinical laboratory, 2021 revision: a technical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2021;23(8):1399-1415. doi:10.1038/s41436-021-01139-4