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A análise de dados de metagenômica com o auxílio de uma plataforma robusta permite que médicos e pesquisadores detectem o material genético dos diversos microrganismos presentes em uma amostra, viabilizando a tomada de decisão precisa sem a necessidade de direcionar o exame.
Quer conhecer nossa plataforma de bioinformática voltada à metagenômica? Acompanhe o texto para saber o que é o Varsmetagen e quais são suas vantagens e funcionalidades. Veja também um case de sucesso utilizando a ferramenta!
O que é o Varsmetagen
O Varsmetagen é uma plataforma de bioinformática baseada em nuvem. Ela foi desenvolvida por um time de especialistas em bioinformática para a análise precisa, automatizada e escalável de dados genéticos de microrganismos obtidos a partir do Sequenciamento de Nova Geração (NGS).
A ferramenta da Varsomics automatiza a análise genômica, permitindo que profissionais da saúde realizem a interpretação dos dados com velocidade superior aos métodos convencionais.
Assim, o Varsmetagen viabiliza a identificação rápida de microrganismos e o diagnóstico preciso de doenças infecciosas.
Quais as funções desse software
Nossa plataforma é intuitiva. Com configurações simplificadas dos pipelines, você não precisa se preocupar com a definição de parâmetros e outras configurações de ferramentas durante sua análise.
Além disso, oferecemos todo o suporte necessário para que nossa plataforma se adapte às suas necessidades. Assim, você pode contar com um time qualificado que irá lhe auxiliar com suas demandas na automatização de suas análises.
O Varsmetagen é escalável. Isso significa que você e sua instituição não precisam realizar o processamento dos dados de maneira sequencial: múltiplas amostras podem ser processadas em paralelo e simultaneamente.
Conte também com uma ferramenta potente que destaca as espécies mais relevantes em uma amostra de forma automatizada: o Anomalymeter.
O Anomalymeter do Varsmetagen é um escore de anomalia calculado por algoritmos de inteligência artificial. Dessa forma, ele permite que microrganismos que compõem a microbiota normal sejam rapidamente diferenciados daqueles que são patogênicos ou se encontram anormalmente abundantes na amostra.
O Varsmetagen lhe dá acesso a métricas de qualidade, um overview completo das amostras e todas as ferramentas necessárias para revolucionar a maneira com que você analisa dados genômicos de microrganismos. Tudo isso segundo as diretrizes do College of American Pathologists (CAP).
Vantagens da plataforma
As análises tradicionais, realizadas por PCR, são sustentadas por hipóteses que direcionam a amplificação e retornam resultados que respondem diretamente a estas hipóteses.
Ou seja, cada exame de PCR é realizado em busca de um patógeno específico, oferecendo um diagnóstico positivo ou negativo da sua presença na amostra.
Por outro lado, a metagenômica é capaz de oferecer identificações sem a necessidade de direcionar a busca por um ou outro microrganismo. Isso é possível com apenas um único exame laboratorial, feito por Sequenciamento de Nova Geração (NGS), seguido da análise dos dados pela plataforma Varsmetagen.
Dessa forma, nossa plataforma permite a realização de diagnósticos personalizados a partir da análise de dados com altíssima precisão e qualidade.
Com o Varsmetagen, você emitirá laudos completos sobre os resultados encontrados, gerados a partir de análises confiáveis e que garantem a segurança e confidencialidade dos dados, de acordo com a Lei Geral de Proteção de Dados (LGPD).
Além disso, todos os nossos produtos são baseados em nuvem. Desse modo, todos os seus dados ficam disponíveis para seu acesso de maneira instantânea em qualquer lugar, a partir de qualquer dispositivo, sem a necessidade de instalações ou de gastos adicionais com computadores de ponta.
Como fazer diagnósticos avançados com a plataforma?
O Varsmetagen possui excelente usabilidade, contando com uma interface que coloca o usuário em primeiro lugar.
Para iniciar suas análises, basta começar configurando a rotina que deseja executar. Ao inserir informações sobre sua plataforma de sequenciamento, quais kits você utiliza em seus processos e quais pipelines deseja utilizar, você estará montando um perfil de análises exclusivo e preciso.
Na sequência, os dados brutos de seu sequenciador devem ser enviados para nossos servidores, que aceitam arquivos em .FASTQ e .FASTQ.GZ, advindos de plataformas de sequenciamento como Illumina, Ion Torrent e Oxford Nanopore.
A partir deste momento, seus arquivos já estarão sendo processados! Aproveite para identificá-los e agregar outros dados a eles, como a data de coleta e o tipo de amostra. Não se preocupe: nosso software está em conformidade com a LGPD para garantir que seus dados receberão a segurança adequada.
Por fim, seus dados estarão disponíveis para análise, juntamente com métricas de qualidade e ferramentas que irão lhe ajudar a emitir um laudo conciso, com grande qualidade e alta precisão. Tudo isso em uma plataforma acreditada pelo CAP.
Varsmetagen e o exame de viroma
Nossa plataforma é a melhor solução para exames de viroma. Na metagenômica, a análise conjunta de todos os vírus presentes em uma amostra é chamada de viroma. Diferentemente da PCR, as análises de metagenômica não são direcionadas e não necessitam hipóteses para que um resultado seja obtido.
O exame de viroma de vírus de RNA foi incorporado à rotina do Hospital Israelita Albert Einstein e validado internamente.
Durante esta validação, observou-se que a acurácia foi de 100% em amostras anteriormente testadas com qPCR. Além disso, em algumas amostras negativadas por qPCR, o exame de viroma foi capaz de detectar alguns vírus, que foram posteriormente confirmados em uma nova análise por qPCR.
Case de sucesso
Como ilustração do potencial de nossa plataforma, confira o projeto SARS-Omics.
Surgido no início da pandemia de COVID-19, este projeto se dedica a sequenciar os vírus da COVID-19, os SARS-CoV-2, e também a estudar a co-infecção deste com outros vírus e microrganismos no trato respiratório.
Este é um projeto que gera quantidades massivas de dados. Diante disso, os pesquisadores se lidaram com a necessidade de um pipeline de bioinformática que viabilizasse a construção de um atlas multi-ômico da COVID-19 com dados advindos de 600 pacientes. Nestas 600 amostras foram realizados:
- Viroma de RNA;
- Metagenômica de DNA;
- Microbioma 16S/ITS;
- Sequenciamento do genoma completo do SARS-CoV-2.
Os pesquisadores do Projeto SARS-Omics decidiram que o Varsmetagen era a escolha mais adequada para sua linha de pesquisa. Após a análise de milhares de dados e o sucesso do projeto, estes cientistas confirmam que nossa plataforma é a melhor solução para a análise de dados genômicos de microrganismos!
Conclusão: Identificação de microrganismos com o Varsmetagen
O que é Varsmetagen?
- Uma plataforma de bioinformática baseada em nuvem para análise de dados de NGS de microrganismos.
Quais são as funções desse software?
- Kit de ferramentas completo para a análise de dados metagenômicos;
- Gráficos, imagens e tabelas estruturadas para facilitar o entendimento e análise da diversidade nas amostras;
- Anomalymeter: pontuações para destacar espécies mais relevantes em uma amostra, de maneira automatizada;
- Acesso à métricas da qualidade para garantir a precisão das análises;
- Realização de análises seguindo diretrizes do CAP (College of American Pathologists);
- Interface intuitiva: configuração simplificada de pipelines;
- Suporte realizado por um time qualificado de especialistas.
Quais são as vantagens da plataforma?
- Identificação não direcionada de patógenos;
- Pipelines de metagenômica com as melhores práticas de bioinformática;
- Segurança e confidencialidade dos dados, de acordo com a Lei Geral de Proteção de Dados;
- Plataforma baseada em nuvem;
- Escalabilidade: processamento de múltiplas amostras simultaneamente.
